APRENDIZAJE AUTOMATIZADO PARA CLASIFICACIÓN DE SECUENCIAS GENÓMICAS

Heidy Díaz Barrios, Yania Alemán Rivas and María del Carmen Chávez Cárdenas

Revista Caribeña de Ciencias Sociales, 2015, issue 2015_05

Abstract: Las técnicas de clasificación se utilizan frecuentemente en la solución de diferentes problemas de la Bioinformatica. Las secuencias de ADN de la mayoría de los genes se transcriben en ARN mensajero que se traducen en proteínas. El ADN contiene en los genes segmentos codificantes (exones) y no codificantes (intrones). Durante el proceso de transcripción los intrones son “cortados†, mecanismo conocido como splicing que coloca a los exones de un gen consecutivamente, listos para traducirse en la secuencia de aminoácidos que conforman la proteína. En los splice sites, el principio del intrón es conocido como donor (par AG), y el final es conocido como acceptor (par GT). Un pequeño por ciento de estas combinaciones son splice sites reales. El presente trabajo aborda la predicción de sitios de splicing. Se utilizan técnicas de aprendizaje automatizado necesarias en la descripción de dominios biológicos y dos bases de datos de secuencias de nucleótidos, para clasificar verdaderos y falsos splice sites con 7000 casos cada una, 6000 falsos y 1000 verdaderos. Se prueba y compara una serie de algoritmos utilizando WEKA (Waikato Enviroment for Knowledge Analysis) para encontrar los mejores clasificadores. Para hacer la selección del mejor clasificador se aplican las medidas más conocidas basadas en la matriz de confusión: exactitud, razón de Verdaderos Positivos, área bajo la Curva de Operación del Receptor (ROC), etc… Como resultados del estudio se concluye que los métodos bayesianos maximizaron el número de verdaderos positivos y el área bajo la curva, por lo que es la propuesta a utilizar para realizar la clasificación de sitios de splicing.

Keywords: splicing; donnor; acceptor; clasificadores; aprendizaje automatizado. (search for similar items in EconPapers)
Date: 2015
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