Rapid emergence of extensively drug-resistant Shigella sonnei in France

Sophie Lefèvre, Elisabeth Njamkepo, Sarah Feldman, Corinne Ruckly, Isabelle Carle, Monique Lejay-Collin, Laëtitia Fabre, Iman Yassine, Lise Frézal, Maria Pardos de la Gandara, Arnaud Fontanet and François-Xavier Weill ()
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Sophie Lefèvre: Université Paris Cité, Unité des Bactéries pathogènes entériques, Centre National de Référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella
Elisabeth Njamkepo: Université Paris Cité, Unité des Bactéries pathogènes entériques, Centre National de Référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella
Sarah Feldman: Université Paris Cité, Unité Epidémiologie des maladies émergentes
Corinne Ruckly: Université Paris Cité, Unité des Bactéries pathogènes entériques, Centre National de Référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella
Isabelle Carle: Université Paris Cité, Unité des Bactéries pathogènes entériques, Centre National de Référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella
Monique Lejay-Collin: Université Paris Cité, Unité des Bactéries pathogènes entériques, Centre National de Référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella
Laëtitia Fabre: Université Paris Cité, Unité des Bactéries pathogènes entériques, Centre National de Référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella
Iman Yassine: Université Paris Cité, Unité des Bactéries pathogènes entériques, Centre National de Référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella
Lise Frézal: Université Paris Cité, Unité des Bactéries pathogènes entériques, Centre National de Référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella
Maria Pardos de la Gandara: Université Paris Cité, Unité des Bactéries pathogènes entériques, Centre National de Référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella
Arnaud Fontanet: Université Paris Cité, Unité Epidémiologie des maladies émergentes
François-Xavier Weill: Université Paris Cité, Unité des Bactéries pathogènes entériques, Centre National de Référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella

Nature Communications, 2023, vol. 14, issue 1, 1-10

Abstract: Abstract Shigella sonnei, the main cause of bacillary dysentery in high-income countries, has become increasingly resistant to antibiotics. We monitored the antimicrobial susceptibility of 7121 S. sonnei isolates collected in France between 2005 and 2021. We detected a dramatic increase in the proportion of isolates simultaneously resistant to ciprofloxacin (CIP), third-generation cephalosporins (3GCs) and azithromycin (AZM) from 2015. Our genomic analysis of 164 such extensively drug-resistant (XDR) isolates identified 13 different clusters within CIP-resistant sublineage 3.6.1, which was selected in South Asia ∼15 years ago. AZM resistance was subsequently acquired, principally through IncFII (pKSR100-like) plasmids. The last step in the development of the XDR phenotype involved various extended-spectrum beta-lactamase genes (blaCTX-M-3, blaCTX-M-15, blaCTX-M-27, blaCTX-M-55, and blaCTX-M-134) carried by different plasmids (IncFII, IncI1, IncB/O/K/Z) or even integrated into the chromosome, and encoding resistance to 3GCs. This rapid emergence of XDR S. sonnei, including an international epidemic strain, is alarming, and good laboratory-based surveillance of shigellosis will be crucial for informed decision-making and appropriate public health action.

Date: 2023
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DOI: 10.1038/s41467-023-36222-8

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