Annotation of microsporidian genomes using transcriptional signals

Eric Peyretaillade (), Nicolas Parisot, Valérie Polonais, Sébastien Terrat, Jérémie Denonfoux, Eric Dugat-Bony, Ivan Wawrzyniak, Corinne Biderre-Petit, Antoine Mahul, Sébastien Rimour, Olivier Gonçalves, Stéphanie Bornes, Frédéric Delbac, Brigitte Chebance, Simone Duprat, Gaëlle Samson, Michael Katinka, Jean Weissenbach, Patrick Wincker and Pierre Peyret ()
Additional contact information
Eric Peyretaillade: Clermont Université, Université d'Auvergne, Centre de Recherche en Nutrition Humaine Auvergne, EA 4678, Conception, Ingénierie et Développement de l'Aliment et du Médicament, BP 10448
Nicolas Parisot: Clermont Université, Université d'Auvergne, Centre de Recherche en Nutrition Humaine Auvergne, EA 4678, Conception, Ingénierie et Développement de l'Aliment et du Médicament, BP 10448
Valérie Polonais: Clermont Université, Université d'Auvergne, IUT Aurillac, BP 10448
Sébastien Terrat: INRA-Université de Bourgogne, UMR 1347 agroécologie, plateforme GenoSol CMSE
Jérémie Denonfoux: Clermont Université, Université d'Auvergne, Centre de Recherche en Nutrition Humaine Auvergne, EA 4678, Conception, Ingénierie et Développement de l'Aliment et du Médicament, BP 10448
Eric Dugat-Bony: Clermont Université, Université d'Auvergne, Centre de Recherche en Nutrition Humaine Auvergne, EA 4678, Conception, Ingénierie et Développement de l'Aliment et du Médicament, BP 10448
Ivan Wawrzyniak: UMR CNRS 6023, Université Blaise Pascal
Corinne Biderre-Petit: UMR CNRS 6023, Université Blaise Pascal
Antoine Mahul: Clermont Université, Université Blaise Pascal, CRRI, F63000
Sébastien Rimour: Clermont Université, Université d'Auvergne, Centre de Recherche en Nutrition Humaine Auvergne, EA 4678, Conception, Ingénierie et Développement de l'Aliment et du Médicament, BP 10448
Olivier Gonçalves: GEPEA, Université de Nantes, CNRS, UMR 6144
Stéphanie Bornes: Clermont Université, Université d'Auvergne, IUT Aurillac, BP 10448
Frédéric Delbac: UMR CNRS 6023, Université Blaise Pascal
Brigitte Chebance: UMR CNRS 6023, Université Blaise Pascal
Simone Duprat: CEA, DSV, IG, Genoscope, CP5706, F91057 Evry
Gaëlle Samson: CEA, DSV, IG, Genoscope, CP5706, F91057 Evry
Michael Katinka: CEA, DSV, IG, Genoscope, CP5706, F91057 Evry
Jean Weissenbach: CEA, DSV, IG, Genoscope, CP5706, F91057 Evry
Patrick Wincker: CEA, DSV, IG, Genoscope, CP5706, F91057 Evry
Pierre Peyret: Clermont Université, Université d'Auvergne, Centre de Recherche en Nutrition Humaine Auvergne, EA 4678, Conception, Ingénierie et Développement de l'Aliment et du Médicament, BP 10448

Nature Communications, 2012, vol. 3, issue 1, 1-9

Abstract: Abstract High-quality annotation of microsporidian genomes is essential for understanding the biological processes that govern the development of these parasites. Here we present an improved structural annotation method using transcriptional DNA signals. We apply this method to re-annotate four previously annotated genomes, which allow us to detect annotation errors and identify a significant number of unpredicted genes. We then annotate the newly sequenced genome of Anncaliia algerae. A comparative genomic analysis of A. algerae permits the identification of not only microsporidian core genes, but also potentially highly expressed genes encoding membrane-associated proteins, which represent good candidates involved in the spore architecture, the invasion process and the microsporidian–host relationships. Furthermore, we find that the ten-fold variation in microsporidian genome sizes is not due to gene number, size or complexity, but instead stems from the presence of transposable elements. Such elements, along with kinase regulatory pathways and specific transporters, appear to be key factors in microsporidian adaptive processes.

Date: 2012
References: Add references at CitEc
Citations:

Downloads: (external link)
https://www.nature.com/articles/ncomms2156 Abstract (text/html)

Related works:
This item may be available elsewhere in EconPapers: Search for items with the same title.

Export reference: BibTeX RIS (EndNote, ProCite, RefMan) HTML/Text

Persistent link: https://EconPapers.repec.org/RePEc:nat:natcom:v:3:y:2012:i:1:d:10.1038_ncomms2156

Ordering information: This journal article can be ordered from
https://www.nature.com/ncomms/

DOI: 10.1038/ncomms2156

Access Statistics for this article

Nature Communications is currently edited by Nathalie Le Bot, Enda Bergin and Fiona Gillespie

More articles in Nature Communications from Nature
Bibliographic data for series maintained by Sonal Shukla () and Springer Nature Abstracting and Indexing ().