Un workflow R pour une gestion simple et durable des données de la recherche

Wilfried Heintz (), Julien Barde and Emmanuel Blondel
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Wilfried Heintz: DYNAFOR - Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers - ENSAT - École nationale supérieure agronomique de Toulouse - Toulouse INP - Institut National Polytechnique (Toulouse) - UT - Université de Toulouse - Toulouse INP - Institut National Polytechnique (Toulouse) - UT - Université de Toulouse - INP - PURPAN - Ecole d'Ingénieurs de Purpan - Toulouse INP - Institut National Polytechnique (Toulouse) - UT - Université de Toulouse - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement
Julien Barde: UMR Marbec - Station Sète - MARine Biodiversity Exploitation and Conservation - Station Ifremer Sète - UMR MARBEC - MARine Biodiversity Exploitation and Conservation - MARBEC - IRD - Institut de Recherche pour le Développement - IFREMER - Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique - UM - Université de Montpellier
Emmanuel Blondel: Consultant indépendant

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Abstract: A l'heure de l'Open Science, même si de nombreuses initiatives locales, institutionnelles et nationales prouvent que le partage des données scientifiques est désormais une nécessité, force est de constater que nous nous heurtons toujours aux mêmes difficultés de mise en oeuvre. En effet, un des fondements de la science ouverte et du principe de données FAIR 4 (Faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables) est la fourniture de métadonnées : ce sont des informations contextuelles permettant de découvrir un jeu de données et de le comprendre pour le réutiliser. Or il existe toujours des freins à la création de ces métadonnées, principalement techniques, faute d'outils simples et faciles à prendre en main par des non spécialistes, et ce, malgré les considérables évolutions des logiciels les plus connus, tels que Geonetwork. Un workflow a été implémenté en langage R -largement utilisé par la communauté scientifique -, permettant à partir d'un tableur partagé, éditable dans un environnement collaboratif, de générer des métadonnées conforme à la norme ISO/OGC 19115 (également d'autres standards comme l'EML), de les publier dans un catalogue de métadonnées et/ou dans un ou plusieurs entrepôts de données mais également de créer un flux de données. Nous nous proposons de détailler les mécanismes et les fonctionnalités de ce workflow.

Keywords: R; FAIR; Workflow; Open Science; Reusable; gestion de données; Infrastructure de données spatiales; Base de données; Plan de gestion de données; Accessible; Interoperable (search for similar items in EconPapers)
Date: 2018
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Citations:

Published in Cahier des Techniques de l'INRA, 2018, N° Spécial: Données de la recherche, 9 p

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