PlasmiDB: an open-source and customizable database for plasmid lifecycle management in multi-user, multi-project plant molecular biology laboratories

Alexandre Soriano, Martine Bes (), Anne-Cécile Meunier (), Céline Georget (), Phonsiri Saengram (), Sergi Navarro-Sanz, Aurore Vernet (), Murielle Portefaix (), Thomas Mauran, Maryline Summo, Gaetan Droc () and Christophe Perin ()
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Alexandre Soriano: UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier, Cirad-BIOS - Département Systèmes Biologiques - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Martine Bes: UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier, Cirad-BIOS - Département Systèmes Biologiques - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Anne-Cécile Meunier: UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier, Cirad-BIOS - Département Systèmes Biologiques - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Céline Georget: UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier
Phonsiri Saengram: UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier, Cirad-BIOS - Département Systèmes Biologiques - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Sergi Navarro-Sanz: UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier, Cirad-BIOS - Département Systèmes Biologiques - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Aurore Vernet: UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier, Cirad-BIOS - Département Systèmes Biologiques - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Murielle Portefaix: UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier, Cirad-BIOS - Département Systèmes Biologiques - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Thomas Mauran: UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier, Cirad-BIOS - Département Systèmes Biologiques - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Maryline Summo: UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier, Cirad-BIOS - Département Systèmes Biologiques - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Gaetan Droc: UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier, Cirad-BIOS - Département Systèmes Biologiques - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Christophe Perin: UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier, Cirad-BIOS - Département Systèmes Biologiques - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement

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Abstract: Background: Functional genomics in plant biology relies on the generation, reuse, and long-term management of large numbers of plasmids produced through diverse cloning strategies. As collections expand across users and projects, laboratories face increasing challenges in organization, traceability, and preservation of construction histories. Existing cloning and sequence-design software supports plasmid design but does not address collaborative, laboratory-wide plasmid management. Results: We developed PlasmiDB, an open-source, web-based database for managing plasmid collections in multi-user research environments. PlasmiDB provides structured storage of plasmid metadata, explicit tracking of plasmid genealogy, and traceability throughout the plasmid life cycle, including inter-laboratory exchanges. The system implements project-based access control and supports collaborative workflows involving staff, students, and core facilities. Implemented using a standard LAMP architecture and deployable via Docker, PlasmiDB is designed for extensibility without modification of the core database schema. A gene module links genetic targets to associated plasmids, primers, and CRISPR reagents, improving coherence between molecular constructs and experimental objectives. In our laboratory, PlasmiDB currently manages nearly 700 plasmids and facilitates reporting through automated declaration file generation. Conclusions: PlasmiDB complements existing cloning tools by providing traceability, collaboration support, and long-term data stewardship for plant molecular biology laboratories. The source code and Docker image are publicly available.

Keywords: Open-source database; Plasmid management; Plant molecular biology; Functional genomics; Plasmid traceability (search for similar items in EconPapers)
Date: 2026-07-01
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Published in Plant Methods, 2026, 22, pp.84. ⟨10.1186/s13007-026-01555-0⟩

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DOI: 10.1186/s13007-026-01555-0

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