Detection of two zoonotic pathogens, Seoul orthohantavirus and pathogenic Leptospira, in rats of Bamako, Mali (2021−2023)

J. Garona, A. Berard, C. Tatard, A. Kwasiborski, Philippe Gauthier (), S. Ag Atteynine, Veronique Hourdel (), A. Eusebe, C. Diagne (), Valérie Caro (), C. Brouat (), Nathalie Charbonnel (), V. Sauvage (), L. Granjon and Guillaume Castel ()
Additional contact information
J. Garona: UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - IRD [Occitanie] - Institut de Recherche pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier
A. Berard: UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - IRD [Occitanie] - Institut de Recherche pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier
C. Tatard: UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - IRD [Occitanie] - Institut de Recherche pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier
A. Kwasiborski: CIBU - Cellule d'Intervention Biologique d'Urgence (Centre National de Référence) - Laboratory for Urgent Response to Biological Threats (National Reference Center) - UPCité - Université Paris Cité - ERI - Environnement et Risques infectieux - Environment and Infectious Risks - IP - Institut Pasteur [Paris] - UPCité - Université Paris Cité
Philippe Gauthier: UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - IRD [Occitanie] - Institut de Recherche pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier
S. Ag Atteynine: IER - Institut d'Economie Rurale
Veronique Hourdel: CIBU - Cellule d'Intervention Biologique d'Urgence (Centre National de Référence) - Laboratory for Urgent Response to Biological Threats (National Reference Center) - UPCité - Université Paris Cité - ERI - Environnement et Risques infectieux - Environment and Infectious Risks - IP - Institut Pasteur [Paris] - UPCité - Université Paris Cité
A. Eusebe: UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - IRD [Occitanie] - Institut de Recherche pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier
C. Diagne: UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - IRD [Occitanie] - Institut de Recherche pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier
Valérie Caro: CIBU - Cellule d'Intervention Biologique d'Urgence (Centre National de Référence) - Laboratory for Urgent Response to Biological Threats (National Reference Center) - UPCité - Université Paris Cité - ERI - Environnement et Risques infectieux - Environment and Infectious Risks - IP - Institut Pasteur [Paris] - UPCité - Université Paris Cité
C. Brouat: UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - IRD [Occitanie] - Institut de Recherche pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier
Nathalie Charbonnel: UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - IRD [Occitanie] - Institut de Recherche pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier
V. Sauvage: CNR - laboratoire coordonnateur - Centre National de Référence Hantavirus / National Reference Center Hantavirus - IP - Institut Pasteur [Paris] - UPCité - Université Paris Cité
L. Granjon: UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - IRD [Occitanie] - Institut de Recherche pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier
Guillaume Castel: UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations - Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement - IRD [Occitanie] - Institut de Recherche pour le Développement - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement - Institut Agro Montpellier - Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - UM - Université de Montpellier

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Abstract: Highlights: • Seoul virus and pathogenic leptospires were detected in brown rat populations from Bamako city. • Seoul virus is prevalent in most neighborhoods of Bamako. • The distribution of leptospires varies significantly across the city. • Seoul virus strains of Bamako could result from a reassortment between two lineages. Abstract: Seoul orthohantavirus (SEOV) and pathogenic leptospires, two zoonotic agents causing similar symptoms in humans, were investigated in rat populations across several neighborhoods in Bamako, Mali. SEOV seroprevalence in brown rats (Rattus norvegicus) reached 14.8 %, while no infection was detected in black rats (Rattus rattus). Pathogenic leptospires were found in 8.7 % of brown rats, with significant inter-neighborhood variations, while only one black rat tested positive. Viral genetic analyses suggested that SEOV strains circulating in Bamako may result from a reassortment between two SEOV lineages. These findings highlight the widespread distribution of SEOV and the localized presence of pathogenic leptospires in Bamako, emphasizing the role of brown rats as reservoirs. These results can guide municipal authorities in implementing rodent control and prevention strategies to mitigate associated public health risks in Bamako.

Keywords: Seoul orthohantavirus; Leptospira; Rat-borne pathogens; Urban ecosystem (search for similar items in EconPapers)
Date: 2025-06
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Published in One Health, 2025, 20, pp.101085. ⟨10.1016/j.onehlt.2025.101085⟩

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DOI: 10.1016/j.onehlt.2025.101085

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