RDMkit efficiently manages metabarcoding and metagenomic data

RDMkit une ressource gérant efficacement les données métagénomiques et métabarcoding

Clara Emery (), Hanna Koivoula, Lucas Leclère (), Eric Pelletier (), Vincent Lefort, Yvan Le Bras () and Erwan Corre ()
Additional contact information
Clara Emery: IFB-core - Institut Français de Bioinformatique - CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement
Lucas Leclère: BIOM - Biologie intégrative des organismes marins - SU - Sorbonne Université - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique - OOB - Observatoire océanologique de Banyuls - SU - Sorbonne Université - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique
Eric Pelletier: UMR 8030 - Génomique métabolique - GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] - Université Paris-Saclay - DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) - CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - UEVE - Université d'Évry-Val-d'Essonne - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique, GOSEE - Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans - UPVD - Université de Perpignan Via Domitia - EPHE - École Pratique des Hautes Études - PSL - Université Paris Sciences et Lettres - AMU - Aix Marseille Université - CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - UEVE - Université d'Évry-Val-d'Essonne - UTLN - Université de Toulon - INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale - SU - Sorbonne Université - Université Paris-Saclay - Universidad Austral de Chile - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique - IRD [Ile-de-France] - Institut de Recherche pour le Développement - ENS Paris Saclay - Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay - EMBL - European Molecular Biology Laboratory - Nantes Univ - ECN - NANTES UNIVERSITÉ - École Centrale de Nantes - Nantes Univ - Nantes Université
Vincent Lefort: LECA - Laboratoire d'Ecologie Alpine - USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry] - Université Savoie Mont Blanc - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique - Fédération OSUG - Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble - UGA - Université Grenoble Alpes
Yvan Le Bras: DoHNEE - Données de recherche pour l'Histoire Naturelle, l'Ecologie et l'Environnement - MNHN - Muséum national d'Histoire naturelle - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique
Erwan Corre: FR2424 - Fédération de recherche de Roscoff - SBR - Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station - SU - Sorbonne Université - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique, ABIMS - ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science - FR2424 - Fédération de recherche de Roscoff - SBR - Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station - SU - Sorbonne Université - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique, IFB-core - Institut Français de Bioinformatique - CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique - INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, MERIT - MERIT : Réseau MetiER en bIoinformaTique - MITI - Mission pour les Initiatives Transverses et Interdisciplinaires - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique, SBR - Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station - SU - Sorbonne Université - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique

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Abstract: The RDMkit (Research Data Management toolkit for Life Sciences) is an ELIXIR-driven international resource designed to help scientists manage their data according to best practices. It enables users to identify the best practices for research data management (RDM) in line with the FAIR Principles: Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable. For metabarcoding data management, the lack of clear standards has been widely acknowledged in the literature, inducing initiatives to develop specific solutions (Shea et al. 2023; Takahashi et al. 2025). During the development of the RDMkit Biodiversity Domain page, the ELIXIR Biodiversity community identified the need for a dedicated RDMkit Metabarcoding Tool Assembly page. Driven by the ELIXIR Biodiversity and Microbiome communities, the existing marine metagenomics Tool Assembly page was also expanded to additional biomes and updated to include cross-community tools. Here we present the Metabarcoding and Metagenomics RDMkit Tool Assembly pages developed within the ELIXIR communities, that encompasses technologies and standards used in each community. This work was led by the Biodiversity and Microbiome communities but also benefited the Plant, Food & Nutrition, Research Data Management and the Interoperability Platform expertise.

Keywords: metagenomics; Biodiversity; microbiome; ELIXIR communities; RDMkit; reproducibility; data management; FAIR Principles; metadata; metabarcoding (search for similar items in EconPapers)
Date: 2026-06-30
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Published in JOBIM 2026, Jun 2026, Strasbourg, France.

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