The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa

A. J. G. Simpson, F.C. Reinach, P. Arruda, F. A. Abreu, M. Acencio, R. Alvarenga, L. M. C. Alves, J. E. Araya, G. S. Baia, C. S. Baptista, M. H. Barros, E. D. Bonaccorsi, S. Bordin, J. M. Bové, M. R. S. Briones, M. R. P. Bueno, A. A. Camargo, L. E. A. Camargo, D. M. Carraro, H. Carrer, N. B. Colauto, C. Colombo, F. F. Costa, M. C. R. Costa, C. M. Costa-Neto, L. L. Coutinho, M. Cristofani, E. Dias-Neto, C. Docena, H. El-Dorry, A. P. Facincani, A. J. S. Ferreira, V. C. A. Ferreira, J. A. Ferro, J. S. Fraga, S. C. França, M. C. Franco, M. Frohme, L. R. Furlan, M. Garnier, G. H. Goldman, M. H. S. Goldman, S. L. Gomes, A. Gruber, P. L. Ho, J. D. Hoheisel, M. L. Junqueira, E. L. Kemper, J.P. Kitajima, J. E. Krieger, E. E. Kuramae, F. Laigret, M. R. Lambais, L. C. C. Leite, E. G. M. Lemos, M. V. F. Lemos, S. A. Lopes, C. R. Lopes, J. A. Machado, M. A. Machado, A. M. B. N. Madeira, H. M. F. Madeira, C. L. Marino, M. V. Marques, E. A. L. Martins, E. M. F. Martins, A. Y. Matsukuma, C. F. M. Menck, E. C. Miracca, C. Y. Miyaki, C. B. Monteiro-Vitorello, D. H. Moon, M. A. Nagai, A. L. T. O. Nascimento, L. E. S. Netto, A. Nhani, F. G. Nobrega, L. R. Nunes, M. A. Oliveira, M. C. de Oliveira, R. C. de Oliveira, D. A. Palmieri, A. Paris, B. R. Peixoto, G. A. G. Pereira, H. A. Pereira, J. B. Pesquero, R. B. Quaggio, P. G. Roberto, V. Rodrigues, A. J. de M. Rosa, V. E. de Rosa, R. G. de Sá, R. V. Santelli, H. E. Sawasaki, A. C. R. da Silva, A. M. da Silva, F. R. da Silva, W. A. Silva, J. F. da Silveira, M. L. Z. Silvestri, W. J. Siqueira, A. A. de Souza, A. P. de Souza, M. F. Terenzi, D. Truffi, S. M. Tsai, M. H. Tsuhako, H. Vallada, M. A. Van Sluys, S. Verjovski-Almeida, A. L. Vettore, M. A. Zago, M. Zatz, J. Meidanis and J. C. Setubal ()
Additional contact information
A. J. G. Simpson: Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, Rua Prof. Antonio Prudente, 109 – 4o andar
F.C. Reinach: Instituto de Química Universidade de São Paulo
P. Arruda: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética, Universidade Estadual de Campinas, Caixa Postal 6010
F. A. Abreu: Laboratório de Biologia Molecular, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo
M. Acencio: Disciplina de Oncologia, Universidade de São Paulo
R. Alvarenga: Instituto de Química Universidade de São Paulo
L. M. C. Alves: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, Universidade Estadual Paulista
J. E. Araya: Imunologia e Parasitologia Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo
G. S. Baia: Instituto de Química Universidade de São Paulo
C. S. Baptista: Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo
M. H. Barros: Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo
E. D. Bonaccorsi: Instituto de Química Universidade de São Paulo
S. Bordin: Hemocentro, Faculdade de Ciências Médicas, Universidade Estadual de Campinas
J. M. Bové: Institut National de la Recherche Agronomique et Université Victor Ségalen Bordeaux 2, 71 Avenue Edouard Bourleaux, Laboratoire de Biologie Cellulaire et Moléculaire
M. R. S. Briones: Imunologia e Parasitologia Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo
M. R. P. Bueno: Instituto de Biociências Universidade de São Paulo
A. A. Camargo: Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, Rua Prof. Antonio Prudente, 109 – 4o andar
L. E. A. Camargo: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo
D. M. Carraro: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo
H. Carrer: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo
N. B. Colauto: Instituto de Biociências Universidade Estadual Paulista, Distrito de Rubião Junior
C. Colombo: Centro de Genética, Biologia Molecular e Fitoquímica, Instituto Agronômico de Campinas
F. F. Costa: Hemocentro, Faculdade de Ciências Médicas, Universidade Estadual de Campinas
M. C. R. Costa: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo
C. M. Costa-Neto: Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo
L. L. Coutinho: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo
M. Cristofani: Centro de Citricultura Sylvio Moreira, Instituto Agronômico de Campinas, Caixa Postal 04
E. Dias-Neto: Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, Rua Prof. Antonio Prudente, 109 – 4o andar
C. Docena: Instituto de Química Universidade de São Paulo
H. El-Dorry: Instituto de Química Universidade de São Paulo
A. P. Facincani: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, Universidade Estadual Paulista
A. J. S. Ferreira: Instituto de Química Universidade de São Paulo
V. C. A. Ferreira: Laboratório de Bioquímica Fitopatológica e Laboratório de Imunologia, Instituto Biológico
J. A. Ferro: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, Universidade Estadual Paulista
J. S. Fraga: Laboratório de Biologia Molecular, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo
S. C. França: Departamento de Biotecnologia de Plantas Medicinais Universidade de Ribeirão Preto
M. C. Franco: Centro de Energia Nuclear na Agricultura, Universidade de São Paulo, Av. Centenário, 303, Caixa Postal 96
M. Frohme: Funktionelle Genomanalyse, Deutsches Krebsforschungszentrum, Im Neuenheimer Feld 506
L. R. Furlan: Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade Estadual Paulista, Fazenda Lageado, Caixa Postal 560
M. Garnier: Institut National de la Recherche Agronomique et Université Victor Ségalen Bordeaux 2, 71 Avenue Edouard Bourleaux, Laboratoire de Biologie Cellulaire et Moléculaire
G. H. Goldman: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto Universidade de São Paulo
M. H. S. Goldman: Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo
S. L. Gomes: Instituto de Química Universidade de São Paulo
A. Gruber: Laboratório de Biologia Molecular, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo
P. L. Ho: Centro de Biotecnologia, Instituto Butantan
J. D. Hoheisel: Funktionelle Genomanalyse, Deutsches Krebsforschungszentrum, Im Neuenheimer Feld 506
M. L. Junqueira: Laboratório de Genética e Cardiologia Molecular/LIM 13, Instituto do Coração (InCor), Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo
E. L. Kemper: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética, Universidade Estadual de Campinas, Caixa Postal 6010
J.P. Kitajima: Instituto de Computação, Universidade Estadual de Campinas, Caixa Postal 6176
J. E. Krieger: Laboratório de Genética e Cardiologia Molecular/LIM 13, Instituto do Coração (InCor), Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo
E. E. Kuramae: Faculdade de Ciências Agronômicas, Universidade Estadual Paulista, Fazenda Lageado, Caixa Postal 237
F. Laigret: Institut National de la Recherche Agronomique et Université Victor Ségalen Bordeaux 2, 71 Avenue Edouard Bourleaux, Laboratoire de Biologie Cellulaire et Moléculaire
M. R. Lambais: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo
L. C. C. Leite: Centro de Biotecnologia, Instituto Butantan
E. G. M. Lemos: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, Universidade Estadual Paulista
M. V. F. Lemos: Departamento de Biologia Aplicada à Agropecuária Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal Universidade Estadual Paulista
S. A. Lopes: Departamento de Biotecnologia de Plantas Medicinais Universidade de Ribeirão Preto
C. R. Lopes: Instituto de Biociências Universidade Estadual Paulista, Distrito de Rubião Junior
J. A. Machado: Hospital do Câncer – A.C. Camargo, R. Antonio Prudente, 211
M. A. Machado: Centro de Citricultura Sylvio Moreira, Instituto Agronômico de Campinas, Caixa Postal 04
A. M. B. N. Madeira: Laboratório de Biologia Molecular, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo
H. M. F. Madeira: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo
C. L. Marino: Instituto de Biociências Universidade Estadual Paulista, Distrito de Rubião Junior
M. V. Marques: Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo
E. A. L. Martins: Centro de Biotecnologia, Instituto Butantan
E. M. F. Martins: Laboratório de Bioquímica Fitopatológica e Laboratório de Imunologia, Instituto Biológico
A. Y. Matsukuma: Instituto de Química Universidade de São Paulo
C. F. M. Menck: Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo
E. C. Miracca: Disciplina de Oncologia, Universidade de São Paulo
C. Y. Miyaki: Instituto de Biociências Universidade de São Paulo
C. B. Monteiro-Vitorello: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo
D. H. Moon: Centro de Energia Nuclear na Agricultura, Universidade de São Paulo, Av. Centenário, 303, Caixa Postal 96
M. A. Nagai: Disciplina de Oncologia, Universidade de São Paulo
A. L. T. O. Nascimento: Centro de Biotecnologia, Instituto Butantan
L. E. S. Netto: Instituto de Biociências Universidade de São Paulo
A. Nhani: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, Universidade Estadual Paulista
F. G. Nobrega: Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo
L. R. Nunes: Núcleo Integrado de Biotecnologia, Universidade de Mogi das Cruzes
M. A. Oliveira: Universidade Estadual de Campinas, Caixa Postal 6010
M. C. de Oliveira: Instituto de Biociências Universidade de São Paulo
R. C. de Oliveira: Núcleo Integrado de Biotecnologia, Universidade de Mogi das Cruzes
D. A. Palmieri: Instituto de Biociências Universidade Estadual Paulista, Distrito de Rubião Junior
A. Paris: Instituto de Biociências Universidade Estadual Paulista, Distrito de Rubião Junior
B. R. Peixoto: Instituto de Química Universidade de São Paulo
G. A. G. Pereira: Universidade Estadual de Campinas, Caixa Postal 6010
H. A. Pereira: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, Universidade Estadual Paulista
J. B. Pesquero: Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo
R. B. Quaggio: Instituto de Química Universidade de São Paulo
P. G. Roberto: Departamento de Biotecnologia de Plantas Medicinais Universidade de Ribeirão Preto
V. Rodrigues: Microbiologia e Imunologia Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo
A. J. de M. Rosa: Microbiologia e Imunologia Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo
V. E. de Rosa: Faculdade de Ciências Agronômicas, Universidade Estadual Paulista, Fazenda Lageado, Caixa Postal 237
R. G. de Sá: Microbiologia e Imunologia Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo
R. V. Santelli: Instituto de Química Universidade de São Paulo
H. E. Sawasaki: Centro de Genética, Biologia Molecular e Fitoquímica, Instituto Agronômico de Campinas
A. C. R. da Silva: Instituto de Química Universidade de São Paulo
A. M. da Silva: Instituto de Química Universidade de São Paulo
F. R. da Silva: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética, Universidade Estadual de Campinas, Caixa Postal 6010
J. F. da Silveira: Imunologia e Parasitologia Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo
M. L. Z. Silvestri: Instituto de Química Universidade de São Paulo
W. J. Siqueira: Centro de Genética, Biologia Molecular e Fitoquímica, Instituto Agronômico de Campinas
A. A. de Souza: Centro de Citricultura Sylvio Moreira, Instituto Agronômico de Campinas, Caixa Postal 04
A. P. de Souza: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética, Universidade Estadual de Campinas, Caixa Postal 6010
M. F. Terenzi: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto Universidade de São Paulo
D. Truffi: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo
S. M. Tsai: Centro de Energia Nuclear na Agricultura, Universidade de São Paulo, Av. Centenário, 303, Caixa Postal 96
M. H. Tsuhako: Laboratório de Bioquímica Fitopatológica e Laboratório de Imunologia, Instituto Biológico
H. Vallada: Instituto de Psiquiatria Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo, Rua Dr. Ovídeo Pires de Campos s/n, Sala 4051 (3o. andar)
M. A. Van Sluys: Instituto de Biociências Universidade de São Paulo
S. Verjovski-Almeida: Instituto de Química Universidade de São Paulo
A. L. Vettore: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética, Universidade Estadual de Campinas, Caixa Postal 6010
M. A. Zago: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo
M. Zatz: Instituto de Biociências Universidade de São Paulo
J. Meidanis: Instituto de Computação, Universidade Estadual de Campinas, Caixa Postal 6176
J. C. Setubal: Instituto de Computação, Universidade Estadual de Campinas, Caixa Postal 6176

Nature, 2000, vol. 406, issue 6792, 151-157

Abstract: Abstract Xylella fastidiosa is a fastidious, xylem-limited bacterium that causes a range of economically important plant diseases. Here we report the complete genome sequence of X. fastidiosa clone 9a5c, which causes citrus variegated chlorosis—a serious disease of orange trees. The genome comprises a 52.7% GC-rich 2,679,305-base-pair (bp) circular chromosome and two plasmids of 51,158 bp and 1,285 bp. We can assign putative functions to 47% of the 2,904 predicted coding regions. Efficient metabolic functions are predicted, with sugars as the principal energy and carbon source, supporting existence in the nutrient-poor xylem sap. The mechanisms associated with pathogenicity and virulence involve toxins, antibiotics and ion sequestration systems, as well as bacterium–bacterium and bacterium–host interactions mediated by a range of proteins. Orthologues of some of these proteins have only been identified in animal and human pathogens; their presence in X. fastidiosa indicates that the molecular basis for bacterial pathogenicity is both conserved and independent of host. At least 83 genes are bacteriophage-derived and include virulence-associated genes from other bacteria, providing direct evidence of phage-mediated horizontal gene transfer.

Date: 2000
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DOI: 10.1038/35018003

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